Sechs Jahre nachdem Umbrella endgültig zerstört wurde, ist Leon S. Kennedy, nun direkt für die US-Regierung tätig. Er bekommt den Auftrag, die Tochter des Präsidenten aus den Händen von Terroristen zu befreien, deren Aufenthaltsort in einem kleinen Dorf in Europa vermutet wird. Als er eine Hütte betritt und dem Bewohner ein Bild der Präsidententochter zeigt, wird dieser aggressiv und versucht Leon mit einer Axt zu töten. Kurz darauf wird er vom ganzen Dorf gejagt.Auf der Suche nach der Präsidententochter, trifft er auch auf eine alte Bekannte...Ada Wong.

Resident Evil 4 brach den bis dahin eingefahrenen Stil der Serie. Eine massive Neuerung war, dass nun keine Zombies mehr zu töten waren, sondern Menschen, denen ein Parasit eingepflanzt wurde. Auch die bis dahin als Erzfeind dienende Umbrella Corporation fand keine Verwendung mehr Albert Wesker, hochrangiger Mitarbeiter dieser Organisation, hat jedoch kurze Auftritte im Spiel und kündigt Umbrellas Come Back an. Als Hauptwidersacher wurde eine fiktive okkulte Sekte namens Los Illuminados zum Feindbild erklärt.