Wir schreiben das Jahr 1998, mysteriöse Morde rund um eine kleine, im mittleren Westen angesiedelte Stadt, konnten verzeichnet werden. Die Polizei von Raccoon City erhielt daraufhin immer wieder Nachrichten und Meldungen von menschenfressenden Wesen, welche die hilflosen Opfer brutal niedergeschlagen und verspeist haben sollen. Nun ist es natürlich die Aufgabe der Polizei im blauen Dress, dagegen etwas zu unternehmen. Es wurde beschlossen, das „Special Tactics And Rescue Service“ – Team, kurz S.T.A.R.S., eine Eliteeinheit für besonders schwere Aufträge, im gespenstigen Ort einzusetzen. Die Sondertruppe ist in zwei Teams eingeteilt: Team Alpha und Team Bravo.

Zunächst wurde das Bravo Team mobilisiert. Doch aufgrund eines unerklärlichen Technikfehlers musste der Hubschrauber notlanden. Die Polizeieinheit überlebte den schweren Sturz und formierte sich in einem dichten und sehr düsteren Wald namens Raccoon Forest wieder. In diesem Team befindet sich auch das neuste Mitglied Rebecca Chambers, die viele Spieler schon aus dem ersten Teil im Herrenhaus kennen sollten. Sie ist eine intelligente, jedoch mit achtzehn Jahren sehr junge Frau, die ihr Universitätsstudium schon früh abschließen konnte. In ihrer Geheimakte ist zu entnehmen, dass sie ein sehr kompetentes und ärztlich begabtes Mitglied sei, die jeder Situation gewachsen sein soll. Jedoch ist sie im Nahkampf anfällig und ist nicht wirklich zum Kämpfen geboren. Nachdem sich das Bravo Team aufgeteilt hat und die nebelige und verregnete Gegend absucht, findet ein Elite-Polizist plötzlich ein Memo auf dem Boden, auf dem der Sträfling Billy Coen abgebildet ist. Billy war ein ehemaliger Marine und wurde aufgrund von Indizienbeweisen für den Mord an 23 Menschen zum Tode verurteilt. Doch wie die Crew herausfand, verunglückte der Gefängnistransporter und somit geht das Bravo Team davon aus, dass Billy Coen fliehen konnte und sich irgendwo aufhalten muss.

Da die Mitglieder der S.T.A.R.S. nun davon ausgehen, dass der Sträfling das menschenfressende Wesen sei, teilen sie sich auf und suchen im verregneten, dichten und kaum übersichtlichen Wald den Mörder. Rebecca Chambers trifft kurz daraufhin auf einen stehengebliebenen Zug und betritt ihn. Was nun passiert, ist ganz einfach Resident Evil typisch! Urplötzlich bewegen sich Leichen, alias Zombies, und haben nichts anderes im Kopf, als das Frischfleisch in beweglicher Form mit dem netten Namen Rebecca zu erhaschen. Rebeccas Durchschlagskraft reicht aus, um die bösen Monster außer Gefecht zu setzen. Wenige Spielminuten später, im Hintergrund natürlich immer die spannende und schockfokussierende Musik, hat sie das Vergnügen, sich mit Billy Coen zu amüsieren. Nach dem ersten Korb für Billy, treffen sie im Laufe des Spiels nochmals aufeinander und arbeiten nach einem unerwarteten Kampf zwischen Rebecca Chambers und einem Mega-Zombie zusammen.