Die Umbrella Corporation ist ein weltweit sehr erfolgreicher Konzern, dessen technische Errungenschaften bereits in 90% aller Haushalte Einzug gehalten haben. Hinter den Kulissen arbeitet die Umbrella Corporation jedoch auch an biologischen Waffen. In einem geheimen unterirdischen Labor wird das "T-Virus" entwickelt, das dazu in der Lage ist, tote Zellen wiederzubeleben. Ein Umbrella-Mitarbeiter versucht eine Probe vom T-Virus zu stehlen und um alle Spuren zu verwischen, setzt er dieses Virus in dem Labor frei, in dem das Virus gelagert wurde. Dieses entweicht über das Belüftungssystem in den ganzen Laborkomplex. Der Zentralcomputer, die Red Queen, bemerkt diesen Zwischenfall wenig später und verschließt alle Türen und Fahrstühle um zu verhindern, dass das T-Virus an die Oberfläche gelangt.
Die durch ein Nervengas bewußtlose Alice, die ihr Gedächtnis verloren hat, wird durch ein von der Umbrella Corporation beauftragtes S.T.A.R.S.-Team mit in den Hive genommen, um den vermeintlich außer Kontrolle geratenen Zentralcomputer, die Red Queen, abzuschalten. Dem S.T.A.R.S.-Team gelingt es den Zentralcomputer abzuschalten, wobei jedoch vier S.T.A.R.S.-Mitglieder durch einen Abwehrmechanismus getötet werden. Doch durch das Abschalten versperren sie sich den Rückweg, da die getöteten Mitarbeiter des Hives inzwischen zu Zombies mutiert sind und versuchen, die Protagonisten zu töten.
Durch einen Zwischenfall in der vermeintlichen Kantine 2 des Hives wurde Rain von einem Zombie gebissen. Um an die Oberfläche zurückzukommen, müssen die Protagonisten die Red Queen wieder aktivieren, da der Rückweg durch massenhaft Zombies verbarrikadiert ist. Als die Protagonisten die Red Queen wieder aktiviert haben, befragen sie den Computer auf die Geschehnisse und werden auch über das T-Virus aufgeklärt. Allerdings verlangt der Computer, dass diejenigen der Protagonisten, die gebissen worden sind, hier bleiben müssen, da es keinerlei Garantie für das Funktionieren des Gegenmittels nach 1–3 Stunden gibt. Die Protagonisten drohen damit, die Red Queen zu zerstören wenn sie sich weigert ihnen herauszuhelfen. Sie fliehen über die Versorgungsschächte des Hives, welche um den Hive herum gebaut wurden. Nachdem sie wieder am Ausgangspunkt im Labor sind, erinnert sich Alice, wo das T-Virus und das Gegenmittel gelagert sind, um Rain zu retten.
Spence, der Verursacher für den Ausbruch des T-Virus, erinnert sich ebenfalls an das Labor und seiner Stellung in der Umbrella Corporation und seinen Versuch, mit dem Diebstahl des T-Virus seine Träume erfüllen zu lassen. Es kommt in diesem Labor zum Zusammentreffen zwischen Alice und Spence im Lagerraum, wo er den anderen eröffnet, wo sich das T-Virus samt Gegenmittel befindet, nämlich im Zug. Kurz darauf wird er von einem Zombie angefallen, Matt versucht Spence die Pistole abzunehmen, doch Spence wehrt den Angriff ab und flieht kurz darauf. Doch als er am Zug ankommt und sich impfen will, wird er von einem „früheren Experiment“ getötet.
Die Red Queen hat dies alles mitbeobachtet und verlangt für die Rettung den Tod von Rain, da sie bereits zu schwächeln anfängt. Wenig später wird die Red Queen abermals abgeschaltet durch Caplan, den Computerexperten des S.T.A.R.S.-Teams. Die Protagonisten fliehen zum Zug und fahren zur Villa, dem eigentlichen Ausgangspunkt, zurück, währenddessen stirbt Rain. Caplan und Matt werden mit dem T-Virus infiziert. Wenig später schließt sich der Hive vollständig und Matt und Alice werden von Umbrella-Wissenschaftlern unter Quarantäne gestellt.
